Alla corte di Kothen

I motivi per cui Bach abbandonò nel 1717 il posto a Weimar, in completa disgrazia presso il duca, non sono stati ancora definitivamente chiariti. Nello stesso anno assunse la carica di maestro di cappella alla corte riformata del principe Leopoldo di Anhalt-Cothen a Kothen, con l'incarico di comporre cantate d'occasione e musiche concertistiche. Il fatto che la musica sacra non fosse praticata a Kothen (la corte era di confessione calvinista e perciò ostile all'impiego della musica nel culto) gli consentì di dedicarsi con maggiore applicazione alla musica strumentale; a quel periodo risalgono appunto i 6 Concerti brandeburghesi, le suites e sonate per strumenti soli o accompagnati e soprattutto molta musica per clavicembalo, fra cui spicca il primo volume del Clavicembalo ben temperato. Nel 1721, dopo la morte di Maria Barbara, Bach sposò in seconde nozze la cantante Anna Magdalena Wulcken, figlia di un trombettista locale. Il periodo di Kothen si concluse nel 1723, quando bach accettò il posto di Kantor nella chiesa di S. Tommaso a Lipsia, lasciato vacante da J. Kuhnan.

La maturità a Lipsia

Pur continuando a mantenere il titolo di Kappellmeister a Kothen, non abbandonò più Lipsia, anche se dissidi con i suoi superiori laici ed ecclesiastici gli procurarono non poche amarezze. Durante i primi anni di attività a Lipsia compose un gran numero di cantate sacre e le grandi Passioni, ritornando alla musica strumentale solo verso il 1726.  Nel 1729 e fino al 1740 ca assunse la direzione del Collegium Musicum universitario, per il quale compose numerose cantate profane e concerti per uno o più cembali, nonchè molta musica strumentale di vario genere. Il ventennio 1730-50 fu occupato dalla composizione della Messa in si minore (1733; in parte dedicata all'elettore di Sassonia e re di Polonia Augusto III, cattolico), alla rielaborazione di sue musiche precedenti, alla soluzione di problemi di contrappunto (esempi illuminanti in tal senso sono il secondo volume del Clavicembalo ben temperato, i corali organistici della raccolta del 1739 e le Variazioni Goldberg ). Nel 1747 il re federico II di Prussia lo invitò a Potsdam, riservandogli grandi onori e assistendo ammirato alle sue magistrali improvvisazioni. Tornato a Lipsia, Bach riconoscente inviò al sovrano l'Offerta musicale, rigorosa elaborazioni berlinesi. Verso il 1749 la salute del compositore cominciò a declinare; la vista si affievolì sempre più e a nulla valsero le operazioni tentate da un oculista inglese di passaggio a Lipsia. Ormai completamente cieco, Bach dettò l'Arte della fuga (la sua ultuma grande composizione, rimasta incompiuta) prima di esser colto da collasso cardiaco, sopraggiunto poche ore dopo un prodigioso recupero delle facoltà visive».